Schimmel auf Lebensmitteln ist grundsätzlich ein Argument, diese sofort zu entsorgen, ohne sie noch länger herum liegen zu lassen. Bei der Marmelade scheiden sich da aber die Meinungen. Grauer Flaum auf der Oberfläche der fruchtigen Masse ist meistens ein Zeichen dafür, dass das Glas nicht richtig verschlossen war oder die Marmelade zu warm gelagert wurde. Wie man weiß, kann Kälte die Entwicklung und Verbreitung von Schimmel eindämmen, weswegen Marmelade im Kühlschrank gelagert werden sollte, wenn sie nicht auf dem Frühstückstisch steht. Eine Methode, die Gefahr von Schimmel einzudämmen, ist es, nur mit einem sauberen Löffel die Portionen zu entnehmen und das Glas sofort wieder zu verschließen.
Was aber, wenn es schon zu spät ist und sich die fiesen grauen Spuren vom Schimmel schon mehr als deutlich zeigen? Man liest oft, dass man die oberste Schicht im Marmeladenglas einfach entfernen kann, weil sich der Schimmel durch den hohen Zuckergehalt durch den Gelierzucker in der Obstmasse nicht ausbreiten kann. Es besteht aber die Gefahr, Sporen des Schimmels und damit auch die Schimmelgifte – bekannt unter dem Namen Aflatoxine – beim Entnehmen der befallenen Stelle im Glas zu verteilen. Ein mittig gelegener kleiner Fleck kann zudem schon längst seine Spuren an anderer Stelle hinterlassen haben, sodass man Sporen mit einrührt, wenn mit dem Löffel die Oberschicht entfernt wird. In der Regel gilt also, die Marmelade lieber zu entsorgen, denn für die Gesundheit ist es keinesfalls empfehlenswert, wegen den ein oder zwei Euro, die man in die Biotonne entsorgt, ein Risiko einzugehen. Schimmel macht krank, es sei denn, es handelt sich um Edelschimmel, der aber in das Marmeladenglas den Weg nur selten finden wird.